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El Laboratorio de Estudios In-silico del Instituto iÓMICAS desarrolla modelos matemáticos y simulaciones computacionales para analizar procesos físicos, químicos y biológicos a diferentes escalas. Realizamos simulaciones de primeros principios para diseñar moléculas específicas y empleamos dinámica molecular para estudiar proteínas y superficies funcionalizadas. Además, utilizamos algoritmos avanzados para analizar datos de nano-sensores y, en ciencias ómicas, aplicamos aprendizaje automático y grafos para investigar recombinación cromosómica y funciones genéticas, especialmente en cultivos como el frijol. También exploramos la dinámica de fluidos mediante simulaciones avanzadas, generando conocimiento que conecta la biología computacional con soluciones tecnológicas aplicadas.

Mapa laboratorio

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Laboratorio IN-SILICO


Equipos

• Supercomputador - HPC

El sistema de cómputo de alto rendimiento (HPC-GPGPU) del Instituto de Investigación iÓMICAS está compuesto por 22 nodos de procesamiento por CPUs y GPUs, interconectados por un sistema de alta velocidad Infiniband, y un sistema de almacenamiento compartido de 500 TB. El GPGPU una capacidad de procesamiento de 36,5 billones de operaciones numéricas en doble precisión por segundo (TFLOPS). Está conformado por 880 núcleos (dos procesadores Intel Xeon Gold 5218R de 2.1 GHz por nodo); 8.25 TB de memoria RAM (385 GB por nodo); 20 tarjetas gráficas NVIDIA Quadro RTX 6000 de 24 GB (distribuidas en 7 nodos); 238 TB de espacio de trabajo compartido; y una red de comunicación Infiniband EDR de 100 Gbps.

• Software licenciados

  • Mat lab 2025 a -2024a:  Entorno de programación numérica ampliamente usado en ciencia e ingeniería, que permite análisis de datos, simulaciones, modelado y visualización mediante un lenguaje propio de alto nivel.
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  • Vasp 6.4.2:  (Vienna Ab-initio Simulation Package) es un software para realizar simulaciones de estructura electrónica y dinámica molecular a nivel cuántico, basado en la teoría del funcional de la densidad (DFT).
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  • VNL-ATK 2020.09: (QuantumATK Virtual NanoLab) es una plataforma con interfaz gráfica para el modelado y simulación de materiales a nanoescala, que integra cálculos de DFT y métodos clásicos para estudiar propiedades electrónicas y de transporte.